Novel ini menceritakan kisah Adamus Sutekh, seorang Mogadorian yang membelot dari kaumnya setelah mengalami perubahan hati. Dalam usahanya untuk menebus masa lalunya, Adam menyelidiki keberadaan Sam Goode dan ayahnya, Malcolm, yang diyakini ditawan oleh Mogadorian. Ia mempertaruhkan nyawanya untuk menyusup ke markas musuh demi menyelamatkan mereka, sekaligus menemukan kebenaran yang selama ini disembunyikan.

Di sisi lain, novel ini juga membawa pembaca kembali ke masa-masa terakhir planet Lorien melalui sudut pandang Sandor, calon Cêpan dari Nomor Sembilan. Kisah ini menggambarkan bagaimana kehidupan di Lorien hancur akibat invasi brutal dari Mogadorian, serta awal mula dari pelarian dan perjuangan para Garde di Bumi.

Puncaknya, Adam menemukan rahasia besar yang telah lama disembunyikan, yang bisa menjadi kunci bagi kemenangan para Garde dalam perang melawan Mogadorian. Dalam prosesnya, ia tak hanya menemukan kebenaran, tetapi juga jati diri dan tujuan hidup yang sesungguhnya.

Disatukan dalam satu volume, The Lost Files: Secret Histories memperluas dunia Lorien Legacies dengan perspektif baru yang penuh aksi, pengkhianatan, dan harapan.