Shinju berlatar pada era Edo di Jepang, di mana Sano Ichiro, seorang samurai sekaligus penyelidik resmi kota Edo, menghadapi kasus yang rumit dan penuh teka-teki. Kasus ini bermula ketika sebuah kematian tragis yang tampaknya adalah bunuh diri bersama — shinju — terjadi di sebuah keluarga bangsawan. Namun, Sano merasakan ada sesuatu yang ganjil di balik peristiwa tersebut dan mencurigai bahwa ini bukan bunuh diri biasa, melainkan sebuah konspirasi berbahaya yang melibatkan intrik politik dan kekuasaan.

Saat menyelidiki, Sano harus berhadapan dengan tradisi kaku Jepang, hukum samurai, dan rahasia yang disembunyikan di balik dinding keluarga terhormat itu. Ia menyusuri jalan berliku penuh kebohongan, pengkhianatan, dan manipulasi, sekaligus menjaga kehormatan dan kode etiknya sebagai seorang samurai. Dalam prosesnya, ia bertemu dengan berbagai tokoh dari kelas atas hingga rakyat biasa yang masing-masing menyimpan kepentingan dan rahasia sendiri.